谈到秦始皇，自然有人想到焚书坑儒这个典故。据《史记·秦始皇本纪》记载，公元前213年和公元前212年，秦始皇焚毁书籍、坑杀“犯禁者四百六十馀人”。一统华夏的始皇帝自此留下骂名，被后世学人唾骂了两千多年。
辛德勇指出，单纯就对各家学术思想的态度而言，秦始皇并没有特别对儒家采取贬抑打击的政策，所谓“焚书”，关键是想要禁绝官方管控系统之外的私家藏书。所谓“焚书坑儒”，更是有特定的意图和对象，而不是要禁断儒书并杀绝儒生。“秦始皇虽然焚书坑儒但并没有禁绝儒学，他设置儒学博士并允许其授徒讲学，正是儒学和儒家经典得以传承的重要社会条件。”
据辛德勇介绍，儒学发展到战国后期以至秦统一后所呈现出来的有两个不同侧面，其中一个是以荀子“帝王之术”为标志的用于施政和制度建设的显学，另一个侧面是孔子以来传统儒家在社会生活方面所体现的一项基本特色。
上述两个侧面在秦朝都有非常突出的体现。前者就是以李斯为代表的“帝王师”，他们极力彰显儒家思想中固有的法理学或法治学说一面，直接服务于秦始皇征服天下并统治天下的政治目标；后者主要是传承社会礼仪的形式和精神，体现这一点的，就是以七十名官设博士为代表的普通儒学精英。
据辛德勇介绍，秦廷设置了七十博士，这七十博士都是儒学博士，他们第一次出现于史籍当中是在秦始皇三十四年。当时，这位踌躇满志的“始皇帝”为庆贺自己的生日，在咸阳宫中大摆酒席，席间有“博士七十人前为寿”。这一情况显示出，这些儒学博士在秦廷当中，本来是很受重视的，不然不可能集体出席如此重大的典礼。
秦始皇为什么会一边“焚书坑儒”，一边又重视以至任用儒生呢？辛德勇解释道，“焚书坑儒”是为压制以儒生为代表的反对力量或者说是异议人士，是以所谓的“法”来震慑万民，但和任何一个正常的社会一样，大秦帝国除了“法”，还有“礼”的一面，仅仅依靠严刑峻法是不能保证一个政权的运转和稳定的。
“儒生虽然常常会拿上古的理想社会来借古讽今，对当朝皇帝造成一定的威胁，但在焚书坑儒之后，留存下来服务于朝廷的那些以博士为代表的儒生，不再敢轻易借古讽今，给朝廷造成麻烦。”辛德勇表示，另一方面，对于朝廷来说，在讲礼制方面，儒生既然是“百家弗能易”的最佳人选，只有这些儒生才能实现大秦帝国的礼制建设，秦廷特别设置七十名博士的员额以及令其传授儒家的学业，原因即在于此。
辛德勇认为，秦始皇焚书坑儒固然残暴虐至极，但他像所有专制统治者一样，明白要想让他打下的江山永固还需要一整套的礼仪制度，而要建设这样的制度，只能发挥儒生和儒学的作用。
“后世学人往往过多集中关注和抨击焚书坑儒这一暴行，却严重忽略了与此同时秦始皇还在朝廷设置了儒学博士并允许其授徒讲学，而这至少在一个侧面显示出，秦始皇对儒学的特别重视。”辛德勇最后说。
