四是录取方式不同。自主招生采取降分录取的方式，最低可降至一本线；强基计划将考生高考成绩（不低于85%）、高校综合考核结果和综合素质评价等折算成综合成绩，从高到低顺序录取，体现对学生更加全面的考查。
“强基计划”是教育部在深入调研、总结高校自主招生十六年试点经验，充分借上海等地高考综合改革试点成果的基础上，制定出台的。与以往自主招生相比，强基计划取消论文、专利等作为入围高校考核条件的做法，将以往自主招生的“降分录取”改为“基于统一高考的多维度考核评价”，按综合成绩重新排序、择优录取。对此，教育部高校学生司负责人明确解释，强基计划和原自主招生计划有五个方面的区别：一是选拔定位不同。自主招生主要选拔“具有学科特长和创新潜质的学生”，而强基计划主要选拔“有志于服务国家重大战略需求且综合素质优秀或基础学科拔尖的学生”。二是招生专业不同。自主招生未限定高校招生专业范围；强基计划突出基础学科的支撑引领作用，重点在数学、物理、化学、生物及历史、哲学、古文字学等相关专业安排招生。三是入围校考的依据不同。自主招生的入围依据主要是考生的申请材料；强基计划的入围依据是考生高考成绩，极少数在相关学科领域具有突出才能和表现的考生，有关高校可制定破格入围高校考核的条件和办法，并提前向社会公布。四是录取方式不同。自主招生采取降分录取的方式，最低可降至一本线；强基计划将考生高考成绩（不低于85%）、高校综合考核结果和综合素质评价等折算成综合成绩，从高到低顺序录取，体现对学生更加全面的考查。五是培养模式不同。相关高校对自主招生录取的学生在培养方式上未作特殊安排；强基计划录取学生将实行小班化、导师制，并探索本—硕—博衔接的培养模式，畅通学生成长发展通道，实现招生培养良性互动。高校对通过强基计划录取的学生单独制定培养方案，采取导师制、小班化等培养模式。建立激励机制，增强学生的荣誉感和使命感。畅通成长发展通道，对学业优秀的学生，高校可在免试推荐研究生、直博、公派留学、奖学金等方面予以优先安排。探索建立本—硕—博衔接的培养模式。推进科教协同育人，探索建立结合重大科研任务的人才培养机制。通过强基计划录取的学生入校后原则上不得转到相关学科之外的专业就读。 
