属 C9 联盟，前身为国立中央大学，人文社科与基础理科实力强劲，工科相对偏弱。拥有 3 个 A + 学科、21 个 A 类学科；A + 学科为天文学、地质学、图书情报与档案管理，哲学、社会学、中国语言文学、中国史、理论经济学、工商管理等均为 A 类学科。
南京大学医学院前身曾拆分组建空军军医大学，现有医学院为后期重建，学科积淀相对薄弱。苏州校区录取分数线与本部持平，教学管理与本部一体化。学校在新工科领域重点发展计算机相关学科。
保研率接近 50%。
双一流建设学科共 16 个：哲学、理论经济学、中国语言文学、外国语言文学、物理学、化学、天文学、大气科学、地质学、生物学、材料科学与工程、计算机科学与技术、化学工程与技术、矿业工程、环境科学与工程、图书情报与档案管理。
科技部教育部主管的国家重点实验室：
医药生物技术国家重点实验室（南京大学）现代配位化学国家重点实验室（南京大学）计算机软件新技术国家重点实验室（南京大学）内生金属矿床成矿机制研究国家重点实验室（南京大学）固体微结构物理国家重点实验室（南京大学）……
前身为国立中央大学工学院，属四大工学院之一、建筑老八校，工科实力突出。毕业生就业质量不逊于南京大学，部分工科专业就业表现更优。
拥有 5 个 A + 学科、12 个 A 类学科；A + 学科包括土木工程、建筑学、生物医学工程、交通运输工程、艺术学理论；电子科学与技术、信息与通信工程、仪器科学与技术、控制科学与工程等也为 A 类，其中电子科学与技术、信息与通信工程实力尤为突出。其通信工程学科被软科评为世界第一，从 2G 到 6G 技术发展中，东南大学始终是核心研究力量。
医学院源自原南京铁道医学院。学校保研率约 35%。
双一流建设学科共 12 个：机械工程、材料科学与工程、电子科学与技术、信息与通信工程、控制科学与工程、计算机科学与技术、建筑学、土木工程、交通运输工程、生物医学工程、风景园林学、艺术学理论。
科技部教育部主管的国家重点实验室：
毫米波国家重点实验室（东南大学）生物电子学国家重点实验室（东南大学）移动通信国家重点实验室（东南大学）……
